Unter Kurfürst Maximilian VI. Joseph wurde die Universität vor den herannahenden Truppen Napoleons von Ingolstadt nach Landshut verlegt. Am 17. Mai 1800 kehrten die nach München entsandten Deputierten der Universität mit einem Erlaß zurück, der die provisorische Verlegung nach Landshut anordnete. "Ludovico-Maximiliana" sollte die "Hohe Schule" fortan heißen. Der neue Name ehrte ihren Gründer, Herzog Ludwig den Reichen, sowie ihren großen Förderer und Reformer, den damaligen Regenten Maximilian I. (Kurfürst 1799-1806, König 1806-1825). Mit der Universität zog auch die Universtätsbibliothek nach Landshut. Der Senat beauftragte den Theologie- und Philosophieprofessor Paul Hupfauer (1747-1808), die Bibliothek nach Landshut zu überführen. Der Umzug von ca. 50.000 Bänden wurde mit 30 vierspännigen Wagen der Kriegsdeputierten vollzogen und dauerte einige Wochen. In Landshut wurde die Bibliothek in den Räumen des enteigneten Dominikanerklosters untergebracht. In ihrer neuen Stätte ließ Hupfauer die Bibliotheksbestände in 28 Fachgruppen aufteilen und den Grundstock des großen Alphabetischen Kataloges legen. Auch ein Gruppenschlagwortkatalog mit weiten, vor allem geographisch orientierten Schlagworten entstand in der Landshuter Zeit. Die Bestände befanden sich nach Signaturen geordnet in einzelnen Sälen; erschlossen wurden sie durch Fachkataloge. Im Vergleich zu Ingolstadt gestaltete sich in Landshut die Ausleihe regelmäßig und liberal. Für die Präsenzbenutzung gab es einen studentischen Lesesaal mit Handbibliothek, Zeitschriften und Zeitungen sowie einen Arbeitsraum für Professoren.

Am Anfang des 19. Jahrhunderts gelangten aufgrund der Säkularisation des Klosterbesitzes Bayerns große Büchermengen in die Universitätsbibliothek. Durch das "Decretum electorale" vom 28. April 1803 war die Universitätsbibliothek Landshut berechtigt, nach der Hofbibliothek in München die Bände der bayerischen Klosterbibliotheken in ihren Bestand aufzunehmen. In der Regel hatte die Hofbibliothek das erste Auswahlrecht, die Dubletten wurden nach Landshut abgegeben. Bei der Bibliothek des Franziskanerklosters Landshut durfte die Universitätsbibliothek allerdings vor der Hofbibliothek die Buchauswahl treffen. Aus diesem Kloster kamen 318 Inkunabeln und 126 Handschriften, von denen heute noch 120 existieren. Ebenso wurden die Bestände des Dominikanerklosters Landshut, des Franziskanerinnenklosters Heiligkreuz sowie des Zisterzienserinnenklosters Landshut-Seligenthal der Universitätsbibliothek zugesprochen. Aus dem Dominikanerkloster stammen beispielsweise mehrere Antiphonarien (2° Cod. ms. 159-164). Eine besonders wertvolle Handschrift ist das Moosburger Graduale aus dem Kollegialstift St. Castulus in Landshut (Cim. 100 = 2° Cod. ms. 156).

Das Pflichtablieferungsgesetz, das in Bayern seit 1663 existierte, 1802 bestätigt und auf die Universitätsbibliothek Landshut ausgeweitet wurde, sorgte für eine weitere Bestandsvermehrung. Mit einem steigenden Etat konnten regelmäßige Kauferwerbungen getätigt werden, die neben den Neuerscheinungen auch den antiquarischen Bereich zur Lückenergänzung berücksichtigten. So wuchs der Bestand bis 1826 in Landshut auf 130.000 Bände an. Die Bibliothek wurde damit zur drittgrößten Universitätsbibliothek Deutschlands. [weiter]