In diese 26 Jahre fielen die größten Bestandszuwächse vor der Säkularisation der bayerischen Klosterbibliotheken. 1773 löste Papst Klemens XIV. unter dem Druck weltlicher wie geistlicher Fürsten den Jesuitenorden auf. Die Ingolstädter Jesuiten-Bibliothek wurde in die Universitätsbibliothek überführt, wobei einige Bestände der Artistenfakultät zurückkehrten.

Die zweite bedeutsame Bestandsvermehrung erfolgte drei Jahre später. 1776 führte die vom Universitätsdirektor Johann Adam Ickstatt und seinem Nachfolger Johann Georg Lori betriebene Universitätsreform und Verwaltungsvereinfachung zur Vereinigung der Bibliotheken des Collegium Albertinum, des Convictus S. Ignatii Martyris (Collegium Wilhelminum), des Seminarium Clericorum S. Hieronymi, des Collegium Georgianum und der Medizinischen Fakultät mit der Universitätsbibliothek. Über die Größe der Bibliothek in dieser Zeit gibt es abweichende Angaben, wenngleich eine Zahl von 40.000 Bänden für das Jahr 1786 realistisch sein dürfte; 1795 waren es dann rund 45.000 Bände.

Veränderungen gab es auch in der Bibliotheksverwaltung. Die "Churfürstlich-Baierische hoher und niederer Schulen-Ordnung" von 1774 bestimmte, daß jene nicht mehr in den Händen der Vizekanzler liegen solle, sondern Professoren zu übergeben sei, die für diese Tätigkeit eine zusätzliche Besoldung erhielten. Der erste dieser Professoren-Bibliothekare war Gerhoh Caspar Steigenberger (1741-1787). Unter der Regentschaft Karl Theodors trat eine für die Bibliothek wichtige kurfürstliche Verordnung in Kraft, die aber erst in Landshut an Bedeutung gewinnen sollte: Mit Wirkung vom 25. November 1799 wurde verfügt, daß die Dubletten der Universitätsbibliothek verkauft werden dürften, diejenigen der Hof- und Staatsbibliothek an die Universitätsbibliothek abzugeben seien. [weiter]