Die heute gültigen Signaturen der Handschriften wie die Aufstellung nach Formaten ohne Rücksicht auf Sprache, Alter oder Provenienz gehen auf die Mitte des 19. Jahrhunderts zurück. Aus der gleichen Zeit stammt ein Standortkatalog in Zettelform mit Verfasser-, Schreiber-, Anonyma- und Sachregister, der weiterhin für die neuzeitlichen Handschriften zu benutzen ist.

Für die mittelalterlichen sowie die Musikhandschriften ist mit Unterstützung der Deutschen Forschungsgemeinschaft eine moderne Neukatalogisierung erfolgt:

Die Handschriften der Universitätsbibliothek der LMU München.

• Bd. 1: Die deutschen mittelalterlichen Handschriften. Beschrieben von Gisela Kornrumpf und Paul-Gerhard Völker. 1968.
• Bd. 2: Die Musikhandschriften. Beschrieben von Clytus Gottwald. 1968.
• Bd. 3: Die lateinischen mittelalterlichen Handschriften aus der Folioreihe. Erste Hälfte. Beschrieben von Natalia Daniel, Gisela Kornrumpf, Gerhard Schott. 1974. - Zweite Hälfte. Beschrieben von Natalia Daniel, Gerhard Schott, Peter Zahn. 1979.
• Bd. 4: Die lateinischen mittelalterlichen Handschriften aus der Oktavreihe. Beschrieben von Natalia Daniel. 1989.
• Bd. 5: Die lateinischen mittelalterlichen Handschriften aus der Quartreihe. Beschrieben von Marianne Reuter. 2000.

Diese Katalogisate sind auch in der in der Handschriftendatenbank Manuscripta Mediaevalia recherchierbar.